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由於在火之國的木葉忍者村接受了第五代火影─綱手所指派的任務，鳴人、小櫻、祭和大和一行人來到了名為「樓蘭」的廢墟，並和在此地企圖奪取「龍脈」力量的 百足流氓的魁儡軍團戰鬥，在此時，百足先行一步將封印「龍脈」之力的封印式吞噬，並產生極強大的力量，在這力量當中，鳴人和大和兩人因而捲入時空的漩渦當 中，並同時失去了意識。 轉眼間，場景回到20年前，此時的「樓蘭」，是個高塔林立，位於沙漠中央的一座大城。鳴人醒來之後，發現自身居然 身處異地，就在此刻，魁儡兵團再次襲來，且力量顯得更強，即便鳴人開始學習如何...

位於卡洛斯地區有一座和諧寧靜的地下王國——鑽石王國。調皮可愛的精靈公主蒂安希（松本真理香配音）備受寵愛，然而她似乎並未擁有讓維持著王國運行的神聖鑽石繼續產生能量的能力，為此她在長老的指點下啟程前去尋找傳說中的精靈哲爾尼亞斯（三田佳子配音）。因為擁有製造鑽石的能力，蒂安希在路上遭到了女賊瑪麗蓮（足立梨花配音）、忍者盜賊萊歐特（山寺宏一配音）以及火箭隊三人組的刁難，關鍵時刻多虧小智（松本梨香配音）出手相助才讓她化險為夷。在此之後，公主和小智他們一路同行，幾經輾轉終於來到了哲爾尼亞斯所在的森林。但是，...

小智一行人在旅行途中突然遇到「夢幻神奇寶貝」-波爾凱尼恩從天而降，其落下的衝撃讓小智與波爾凱尼恩被奇妙的裝置聯繫在一起，被波爾凱尼恩給牽著走的小智等人來到了有巨大齒輪的都市阿佐特王國… 擁有不停轉動的巨大齒輪的超級機關城市——阿佐特王國的大臣賈維斯，得到了他長年所追尋的終極發明。那就是500年前誕生於阿佐特王國的人造神奇寶貝——瑪機雅娜，以及據說寄存在瑪機雅娜體內，被稱為「魂心」的未知力量。 究竟被綁在一起的小智和波爾凱尼恩，能不能合力救出瑪機雅娜呢？然而，隱藏於「魂心」中的真正力量又是什麼...

在這個世界上有一個神秘的鏡子反射般的世界。在那裡沒有所謂的美麗，是騎拉帝納棲息之處。可是因為帝牙盧卡與帕路奇犽的戰鬥，時空開始扭曲，反轉世界被稱為黑色瘴毒的雲層給覆蓋。看到自己的棲身之所被玷汙而震怒的騎拉帝納，找到了罪魁禍首帝牙盧卡，並打算將其帶入反轉世界。另一方面，在小智等人跟前出現了樣子迷你可愛的神奇寶貝，那是被稱為感謝神奇寶貝的潔咪。為了幫助潔咪前往葛拉西蒂亞花花田，以進行被稱為「花之傳遞」的集體遷移，小智一行人和潔咪展開了短暫的冒險旅程。...

一百年前，沙漠城市「荒漠市」因寶可夢們的對戰而蒙受極大損害，這場對戰的開端，則源自某隻寶可夢的存在。然而這隻寶可夢遭到某個人封印，如今荒漠市已恢復以往的寧靜。 小智與皮卡丘等人在旅行途中，遇見擁有「能從光環拿出所有物品」能力的幻之寶可夢—胡帕，以及照顧牠的少女「梅雅利」。愛搗蛋的胡帕，以從那個神奇光環中拿出牠最愛的甜甜圈，還有各種物品來嚇人為樂。喜歡搗蛋又天真無邪的胡帕，還稱呼小智和皮卡丘為「小知/サト」跟「皮卡/比卡」，徹底成為好朋友的胡帕和小智等人，決定一起去旅行。 抵達荒漠市時的小智一...

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